Η Βαρβάκειος Πρότυπος Σχολή λειτούργησε κανονικά έως την έναρξη του πολέμου, κατά την διάρκεια του οποίου, η λειτουργία του σχολείου διακόπηκε. Κι ενώ οι μαθητές περίμεναν να τελειώσει ο πόλεμος, για να επιστρέψουν στα θρανία του κτηρίου της οδού Αθηνάς, μια πυρκαγιά, που εκδηλώθηκε στις 28 & 29 Δεκεμβρίου 1944, κατέστρεψε την υλικοτεχνική υποδομή του σχολείου. Στις φλόγες χάθηκε το υλικό των βιβλιοθηκών & των εργαστηρίων, πλήθος δε αρχείων. Μολονότι πολλοί ειδικοί είχαν αποφανθεί πως θα μπορούσε να επισκευασθεί, το νεοκλασικό κτήριο, τελικώς κατεδαφίστηκε το έτος 1955.
Κατεδάφιση Βαρβακείου
Συλλογή Χαλκιάδη 